El territorio que abarca Agalsa, ocupa la zona sureste de la provincia de Burgos con una extensión de 1.949 kilómetros cuadrados, que presenta una gran variedad cultural, etnográfica, ocupación, paisajes, etc. que hacen de ella una de las referencias en la provincia.

Los municipios que pertenecen la asociación son: Arlanzón, Atapuerca, Barbadillo de Herreros, Barbadillo del Mercado, Barbadillo del Pez, Barrios de Colina, Cabezón de la Sierra, Campolara, Carazo, Cascajares de la Sierra, Castrillo de la Reina, Contreras, Covarrubias, Fresneda de la Sierra Tirón, La Gallega, Hacinas, Hortigüela, Huerta de Arriba, Ibeas de Juarros, Jaramillo de la Fuente, Jaramillo Quemado, Jurisdicción de Lara, Mambrillas de Lara, Mamolar, Monasterio de la Sierra, Moncalvillo, Monterrubio de la Demanda, Palazuelos de la Sierra, Pineda de la Sierra, Pinilla de los Barruecos, Pinilla de los Moros, Pradoluengo, Rábanos, Retuerta, Revilla del Campo, La Revilla y Ahedo, Riocavado de la Sierra, Salas de los Infantes, San Adrián de Juarros, San Millán de Lara, San Vicente del Valle, Santa Cruz del Valle Urbión, Santo Domingo de Silos, Tinieblas, Torrelara, Valle de Valdelaguna, Valmala, Villaespasa, Villafranca Montes de Oca, Villagalijo, Villamiel de la Sierra, Villanueva de Carazo, Villasur de Herreros, Villoruebo y Vizcaínos.